Quando você seleciona a memória micron MT41J64M16LA-15E predefinida no controlador baseado em DDR3 ALTMEMPHY, a largura de dados é especificada incorretamente como 8 bits por padrão, mas na verdade, este dispositivo é um dispositivo de 16 bits de largura.
Você precisará alterar manualmente a largura dos dados de 8 bits para 16 bits.
Este problema é corrigido no software Quartus® II versão 12.0.