Você pode obter erros de verificação com o programador de software Quartus II versão 5.1 se o seu dispositivo flash não for apagado quando você programá-lo com um novo design. O programador na versão 5.1 não apaga automaticamente o dispositivo flash antes da programação. Você deve verificar a caixa para obter a função de apagar para realizar uma apagamento flash antes da programação. O programador não permite que você verifique a caixa de apagar e programar ao mesmo tempo.
Este problema é corrigido a partir do software Quartus II versão 6.0.