Devido a um problema no Software Quartus® II, quando você abre os visualizadores da netlist a partir do painel Tarefas, a análise e a elaboração são executadas antes de abrir o design no visualizador RTL. Isso acontece quando você compila o design a partir da linha de comando. O painel de tarefas não tem conhecimento do status da compilação e força a análise e a elaboração a serem executados novamente.
Para resolver este problema, lance o visualizador RTL diretamente a partir do menu Visualizador >Netlist Viewers->RTL.
Este problema está programado para ser corrigido em uma versão futura do software Quartus II.