Você pode ver o erro acima ao gerar um sistema platform Designer (antigo Qsys) usando o software Intel® Quartus® Prime versão 17.1.2 e anterior
Para resolver este problema, habilite a opção "limpar diretórios de saída para destinos de geração selecionados" por meio do menu Gerar/Gerar HDL usando o Platform Designer.
Este problema foi corrigido a partir do Intel® Quartus® do software Prime Pro versão 18.0.