Não é necessário incluir o arquivo .flock no arquivo Quartus II. Para evitar o erro, modifique seu script Tcl para renomear o arquivo .flock project_archive antes de executar o comando e renomeie o arquivo .flock para seu nome original mais tarde. Por exemplo, seu script Tcl pode incluir os seguintes comandos:
set flock_name [glob db/*.flock]
file rename "hide"
project_archive
file rename "hide"
Este problema está programado para ser corrigido em uma versão futura do software Quartus II.