Não, os arquivos de programação para uso com o modo AS gerados nas versões 12.0 e posteriores do software Quartus® II não serão compatíveis com as versões do programador Quartus II 11.1sp2 e mais antigas.
Isso também se aplicará a arquivos .jic gerados nas versões mencionadas do software Quartus II.
Você precisará usar o programador Quartus II versão 12.0 para arquivos de programação gerados usando Quartus II 12.0 e posterior.