Não, você não pode colocar o pino de entrada padrão de E/S LVDS em bancos de E/S de 3V, mesmo quando alimentado por VCCPT. Você receberá a seguinte mensagem de erro:
Erro (14566): o Fitter não pode colocar uma componentes periféricos devido a conflitos com restrições existentes se você colocar o padrão de E/S LVDS em bancos de E/S de 3V.
Não há solução alternativa para este problema.