Devido a um problema no Quartus Prime ao gerar o arquivo JAM, apagar o CFM0 sozinho sem apagar CFM1 e vice-versa não apaga com sucesso no hardware, mesmo que o software mostre que ele é bem sucedido.
Como solução alternativa para 16.0, você pode gerar os arquivos JAM com o ini
"PGM_MAX10_POF_SPEEDMODE = desligado". Este problema está corrigido em 16.1.