Sim, devido a um problema na Intel® Quartus® Software Prime Pro Edition versão 22.2 e anteriores, quando o Modo avançado está habilitado na Intel® FPGA IP Generic Serial Flash Interface, a configuração Flash Chip Select não está sendo mapeada corretamente para os bits de registro de controle [7:4]
Por exemplo, quando o Flash Chip Select é definido como "1", em vez dos bits do Registro de controle [7:4] serem definidos como "000", uma configuração de bit de "001" é aplicada.
Para evitar esse problema, desabilite o Modo avançado.
Esse problema foi resolvido a partir da Intel® Quartus® Software Prime Pro Edition versão 23.1.