Não, o design de referência na nota de aplicação AN708 é apenas para teste funcional de hardware, não para simulação.
Você pode ver um dos seguintes erros:
INFORMAÇÕES: 175149 ns estado LTSSM RP: DETECT. ATIVO
FATAL: 175149 ns LTSSM não muda de DETECT. TRANQUILA
FALHA: a simulação parou devido a um erro fatal!
FALHA: a simulação parou devido a um erro!
$finish chamada do arquivo "./.. /.. //.. /.. /ip/top_tb/top_tb_DUT_pcie_tb/altera_pcie_a10_tbed_161/sim/altpcietb_ltssm_mon.v", linha 155.
Para executar a simulação pci express Intel® Arria® 10 , gere o testbench seguindo as etapas fornecidas no capítulo 2 da interface DMA " Intel® Arria® 10 ou Intel® Cyclone® 10 GX Avalon® Memory-Mapped (Avalon-MM) para o Guia do usuário de soluções PCI Express*".