Você não poderá gerar um arquivo .jbc com um recurso de ISP_REAL_TIME se usar o comando quartus_cpf no Software Intel® Quartus® Prime versão 22.3 e abaixo.
Isso ocorre porque há um problema com quartus_cpf script interno que não consegue incluir o recurso ISP_REAL_TIME no arquivo .jbc gerado.
Este problema foi corrigido a partir da versão 22.4 do software Intel® Quartus® Prime.