O Nios® II IDE invoca o SoPC Builder durante determinadas operações, o que pode fazer com que o SoPC Builder altere o selo de data do arquivo PTF, mesmo que o sistema não seja modificado. Esse comportamento pode causar problemas se você estiver usando um sistema de controle de versão.
Para resolver o problema, você pode alterar as propriedades do arquivo PTF para somente leitura para impedir que o Nios II IDE altere o arquivo. No entanto, você precisará de permissão de gravação de leitura para o arquivo PTF se estiver usando o compilador Nios II C2H.