Este problema pode ser resolvido definindo o QSYS_ROOTDIR como uma variável do sistema e adicionando essa variável à instrução de caminho do sistema. Isso é descrito no Manual de instalação do Quartus na seção "Quartus Prime Environment Variables":
/content/dam/altera-www/global/en_US/pdfs/literature/manual/quartus_install.pdf
O link a seguir inclui algumas informações adicionais sobre essas variáveis e como defini-las no Windows: