O erro provavelmente é causado por ter versões incompatíveis do cygwin instaladas em seu computador.
Para resolver o seguinte erro:
c:\altera\61\nios2eds\bin\nios2-gnutools\H-i686-pc-cygwin\bin\nios2-elf-gcc.exe (3796): *** proc magic mismatch detectado - 0x3A24DB6A/0xD079E02.
Este problema provavelmente deve-se ao uso de versões incompatíveis do Cygwin DLL.
Pesquise cygwin1.dll usando o recurso Iniciar->/Pesquisa do Windows
e excluir tudo, menos a versão mais recente. A versão mais recente *should*
residir em x:\cygwin\bin, onde 'x' é a unidade na qual você tem
instalou a distribuição cygwin. A reinicialização também é sugerida se você
.
.
.
Execute os seguintes comandos no shell de comando Nios® II e você receberá uma lista de todas as versões do cygwin instaladas em seu computador.
[SOPC Builder]$ cygcheck -s -v -r > cygcheck.out
[SoPC Builder]$ grep cygwin1.dll cygcheck.out
Em seguida, você pode encontrar todas as cópias da cygwin instaladas em sua máquina e removê-las do seu computador.