Este é um problema conhecido com as versões de software Quartus® II 10.0 e 10.1, onde você tem mais de uma versão do seu componente personalizado usado no design.
Nesses casos, o SOPC Builder:
- use a versão mais recente se ambas as versões estiverem visíveis no SOPC Builder.
- use uma versão disponível se a versão preferida não estiver visível.
Isso é corrigido na versão 11.0 do software Quartus II.