Você precisará adicionar manualmente os arquivos ao seu arquivo de projetos através da ferramenta de desenvolvimento Quartus® II.
Para fazer isso, clique no menu Project -> Archive Project -> Advanced. Em seguida, clique em Adicionar para selecionar e adicionar os arquivos ao seu projeto.
Para obter mais detalhes sobre os arquivos necessários pelos projetos de software Nios II IDE, consulte oNios II de desenvolvimento integrado capítulo do manual Nios II software para desenvolvedores.