Você pode ver este erro ao instauciar um PLL_RECONFIG Intel® FPGA IP nas versões do software Quartus® II 13.0 SP1 e anterior.
Adicione o seguinte parâmetro no Arquivo de configurações Quartus II (.qsf) para o seu projeto:
set_instance_assignment nome adv_netlist_opt_allowed "nunca permitir" -< nome>
Aqui está um exemplo:
set_instance_assignment -nome ADV_NETLIST_OPT_ALLOWED "NUNCA PERMITIR" -para "qsys_pcie:u0|altera_pll_reconfig_top:pll_reconfig_0"
Este problema é corrigido no software Quartus II v19.1.