Esse comportamento ocorre devido a um problema no Gerenciador de plug-in MegaWizard® quando você seleciona a megafunção ALT2GXB para dispositivos Stratix® II GX ou Arria® GX no software Quartus® II Web Edition versão 8.1 e anterior.
O problema é corrigido a partir do software Quartus II Web Edition versão 9.0.