Verifique a variável de ambiente PATH do seu sistema. Se houver vários semi-cólons no final do seu caminho, remova os semi-cólons extras. Verifique também se o comprimento total da variável de ambiente PATH do sistema é inferior a 1.200 caracteres.
Após modificar a variável de ambiente PATH, reinicie o Nios® II IDE e a opção Depuração... a escolha do menu deve funcionar.