Há um bug no software Quartus® II versão 9.1SP2. Ele gera um arquivo criptografado incorreto para dispositivos Arria® II GX no modo de configuração de AS.
Se o arquivo não criptografado configurar um dispositivo Arria II GX com êxito, ele indicará que a conexão de hardware está bem. O arquivo .jic ou .pof encypted gerado pelo software Quartus II versão 9.1SP2 tem a contagem de CLP errada, portanto, a verificação CONF_DONE falhará.
A solução alternativa é desabilitar CONF_DONE verificar as configurações do Advance enquanto converte arquivos de programação.
Este problema é corrigido no software Quartus II versão 10.0.