Devido a um problema na versão do software Quartus® II em 14.0, a configuração da variável CONFIG_HPS_PERPLLGRP_PERNANDSDMMCCLK_CNT definida no pll_config.h pode impedir a inicialização do HPS quando o controlador NAND e SD/MMC estiver desativado na GUI do HPS Qsys.
Para resolver este problema, habilite pelo menos um controlador, se possível, ou modifique o valor #define CONFIG_HPS_PERPLLGRP_PERNANDSDMMCCLK_CNT (4) manualmente.