Há um problema conhecido com o SOPC Builder, onde você verá o erro acima, se você tentar gerar seu sistema após modificar o nome dos seus clocks DDR/DDR2/DDR3 em vez de usar o nome padrão dado pela ferramenta.
A única solução alternativa disponível no momento é não alterar os nomes do clock.
Este problema será corrigido em uma versão futura do software Quartus® II.
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