O problema ocorre porque o arquivo msim_setup.tcl (ou o equivalente para seu simulador) compila ambas as instâncias na mesma biblioteca.
Para resolver este problema, edite o script tcl para adicionar uma nova biblioteca e mova uma das instações para essa biblioteca.
Por exemplo, você pode ver as seguintes linhas:
ensure_lib ./bibliotecas/_highspeed_rs_enc_151/
vmap altera_highspeed_rs_enc_151 ./bibliotecas/altera_highspeed_rs_enc_151/...
eval vlog -sv "/hs_rs_248_216_enc/altera_highspeed_rs_enc_151/sim/altera_highspeed_rs_enc_lagr_pkg.sv" -trabalho altera_highspeed_rs_enc_151
eval vlog -sv "/hs_rs_248_232_enc/altera_highspeed_rs_enc_151/sim/altera_highspeed_rs_enc_lagr_pkg.sv" -trabalho altera_highspeed_rs_enc_151
...
eval vsim -novopt -t ps -L work -L work_lib -L altera_common_sv_packages ... -L altera_highspeed_rs_enc_151
Em seguida, você modificará o seguinte:
ensure_lib ./bibliotecas/_highspeed_rs_enc_151/
vmap altera_highspeed_rs_enc_151 ./bibliotecas/altera_highspeed_rs_enc_151/
ensure_lib ./bibliotecas/_highspeed_rs_enc_151_2/
vmap altera_highspeed_rs_enc_151_2 ./bibliotecas/altera_highspeed_rs_enc_151_2/...
eval vlog -sv "/hs_rs_248_216_enc/altera_highspeed_rs_enc_151/sim/altera_highspeed_rs_enc_lagr_pkg.sv" -trabalho altera_highspeed_rs_enc_151
eval vlog -sv "/hs_rs_248_232_enc/altera_highspeed_rs_enc_151/sim/altera_highspeed_rs_enc_lagr_pkg.sv" -trabalho altera_highspeed_rs_enc_151_2
...
eval vsim -novopt -t ps -L work -L work_lib -L altera_common_sv_packages ... -L altera_highspeed_rs_enc_151 -L altera_highspeed_rs_enc_151_2
Este problema está programado para ser corrigido em uma futura versão do Quartus Prime.